Der Stiftungsrat ist das oberste Organ des ZAR. Er besteht aktuell aus acht Mitgliedern und setzt sich aus Vertretern der Abfallwirtschaft, der Rohstoffindustrie, der Recyclingindustrie und Umweltbehörden zusammen. Der Stiftungsrat vertritt den ZAR in strategischen, inhaltlichen und finanziellen Fragen.

Der Stiftungsrat trifft sich mindestens zweimal jährlich und beschliesst das Budget und das Jahresprogramm.